タンパク質,DNAといった巨大な生体分子の量子化学計算を実用レベルで可能とする二つのソフトウェアProteinDF/ABINIT-MPを実践的に紹介する.どちらもPC~小規模PCクラスタで利用可能である.これらの計算手法は,将来的に基礎科学のみならず,創薬,医療,バイオ,工業などさまざまな応用分野で大きな貢献が期待されている.
第1部 タンパク質密度汎関数法パッケージProteinDFシステム
ProteinDFシステム
ProteinEditorを使ってみよう
PCを用いたペプチド全電子計算
(小規模)PCクラスターを用いたタンパク質全電子計算
大型計算機を用いた大規模タンパク質全電子計算
第2部 フラグメント分子軌道法プログラムABINIT-MP
フラグメント分子軌道(FMO)法とは
ABINIT-MP/BioStationViewerのインストール
まずは計算してみよう
タンパク質・DNAのFMO計算