バイオインフォマティクスの広がりとともに注目を集める「ゲノム多様性解析」を、集団遺伝学・ゲノム情報などの予備知識を含めて丁寧に解説。
解析の「対象」「目的」「手法」を順序立てて説明することで、独習に役立つよう工夫されています。
基礎理論だけでなく実際に解析できるゲノム配列データも用意され、多型の検出・表現型解析・集団構造の可視化・正の自然選択の検出などのさまざまな解析手法を、ソフトウェアと書籍内のコードを用いて1ステップずつ実践できます。
また巻末の付録では、解析に用いるUNIXコマンドや環境構築についてもフォローされています。
これからゲノム多様性解析の世界に入門する研究者におすすめの1冊です。
第1章 はじめに
第2章 シークエンスデータとクオリティチェック
第3章 多型の検出
第4章 ハプロタイプ解析
第5章 表現型の解析
第6章 集団の多様性解析
第7章 集団構造の可視化
第8章 集団サイズの推定
第9章 集団の分岐・混合
第10章 正の自然選択の検出
第11章 ターゲットシークエンシング
第12章 分岐年代の推定
付録A 解析環境の構築
付録B 各種ソフトウェアのインストール
付録C UN*Xコマンド